Њихова појава на босанском фронту изменила је карактер рата: у рату у БиХ се утврдио радикални ислам са идеологиом џихада. Они су постали ударне елитне јединице, које су радиле оно што други босанци нису могли да раде. Већ у септембру 1992. године учили су босанске муслимане да ратују: међу првим операцијама било је убиство три ненаоружана Србина. њихове главе су постављене у Тешњу на очиглед свих. Одред Ел-Муџахедин, формиран 13. августа 1993. године по наредби начелника Главног штаба Армије БиХ Расима Селића, у својим редовима је имао много страних добровољаца блиских терористичким организацијама (GIA, Алжир, Gama Isllamia…) и много важних представника актуалне глобалне терористичке мреже Ал-Каида. Страни добровољци били су део армије БиХ.

Моџахедини су се одликовали посебном суровошћу: они су вршили чишење територије од Срба и Хрвата, убијали своју жртву не мецима, већ ножем, полако, при томе обавезно одсецали главу. Уливали су страх у кости становницима тиме што су набијали на колац, пекли на ражњу. Вршили су терористичке и диверзантске акције, учествовали у обуци војних кадрова, активно се бавили испоруком оружја у БиХ.

Одред Ел-Муџахедин формално је био распуштен почетком 1996. године, али кући су се вратили само малобројни. Многи ветерани овог одреда су добили босанско држављанство и компактно су се населили у низу региона Босне и Херцеговине. Локални становници су говорили да они стварају своју мини исламску државу у планинама Озрена и некада српском селу Бочиња. У том селу у старим српским кућама после рата сместило се 1500 моџахедина, од њих 150 су били странци. то су углавном Арапи који су се оженили босанкама. Бочиња је врло брзо почела да личи на праву колонију Ал Каиде у БиХ. Они су живели по својим законима, нису признавали сарајевску власт и локалне обичаје. А када се 2001. у село вратило 114 српских проодица, моџахедини су почели да воде против њих оштру борбу, нудећи им да пређу у ислам. Недалеко од Травника иста судбина је стигла хрватско село Гуча Гора. Моџахедини су тамо увели свој ред: молитва 5 пута дневно, фереџа за жене, забрана алкохола и сваког контакта са невернцима. Следбеници «чистог ислама» салафити изабрали су село горња Маоча. Тамо њихова заједница функционише као армијски одред, на чију територију не може да ступи обичан човек. Тамо цветају шеријатски средњовековни закони, строги војни поредак и изолованост од осталог света. 2012. године у Сарајеву је одржана конференција вахабита на којој су се чули захтеви да се у БиХ изгради шеријатска држава.

У Централној босни моџахедини су често нападали локалне становнике због њиховог немуслиманског понашања. По мишљењу стручњака, талас терористичких аката у БиХ је њихових руку дело. Од 1995. до краја 1997. године извршено је више од 100 терористичких аката на територији Федерације БиХ, од којих је већина била усмерена против хрвата, каои Срба, који су се враћали у своје домове.

Око 100 ветерана исламистичких специјалних одреда крајем 1995. године прешло је у Чеченију и ратовало тамо. 1997. и 1998. године кативна помоћ оружјем пружала се Албанцима са Косова. грађанин Сирије Абу Хамсза, један од те 4000 моџахедина странаца који су стигли 90-их година из читавог света да се боре за своју босанску браћу, говорио је 2006. године: Морамо да останемо да организујемо отпор наредне године, када се постави питање отцепљења Косова. Посебно поштовање код њега су изазивали босанци који су ратовали у Чеченији: То није било лако, морали су да плате огроман новац само за то да стигну до Кавказа и боре се раме уз раме са својом чеченском браћом.

Попуњавање редова моџахедина у БиХ наставило се и после 1995. године. Младе људе регрутују у џамијама, али дешавају се случајеви када их узимају из муслиманских породица насилно. Већ нултих година код Бихаћа у специјалном међународном кампу су припремани моџахедини које су обучавали за терористичке акте по читавом свету. Позната естремистичка организација Активна исламска омладина, основана у Зеници 1995, залаже се за радикални ислам и оружану борбу. Финансирала је организацију Саудијска Арабија. Главна парола је Џихад. За неколико година Активна исламска омладина се увећала за неколико хиљада људи и имала је своја одељења у Травнику, Бугојну, Завидовићима, Високом и Сарајеву. Аднан Пезо који је био на челу Активне исламске омладине од 1997. године био је убеђен да у БиХ за исламисте нема заједничког живота са католицима, православнима и муслиманима атеистима. Крајем 2000. године Активна исламска омладина се преместила у Сарајево, а Пеза је заменио Алмин Фочо.

2009. године Мустафа Церић, религиозни лидер муслимана БиХ, назвао је вахабите «чуварима бошњачке части». У једном званичном органу Исламске заједнице БиХ било је објашњење вахабизма. Његов религиозни, социјални и политички принцип своди се на паролу: или ћеш постати вахабиа или ћемо те убити, отети имовину, а рођаке претворити у робове.

Предавач стратегије на Америчком поморском колеџу Џон Р. Шиндлер истиче да БиХ урања у криминал, корупцију и политичко-економске проблеме, предствља снажну базу радикалног ислама. По оценама издања Фокус из Бањалуке, у датом тренутку у БиХ има од 200 до 400 хиљада присталица вахабизма. Како тврди експерт за вахабизам и тероризам Џевад Галијашевић, вахабити мирно тренирају и пролазе обуку у фискултурним салама школа на територији општина Завидовићи, Пофалићи. Железно Поље, Шерићи, у џамији у Маглају, сарајевској џамији краља Дахда. Њихова обука подразумева такве предмете као што је идеологија вахабизма, поступци борбе, владање савременим оружјем.

После ступања на снагу Дејтонског споразума многи моџахедини су склопили уговор са америчком приватном војном фирмом MPRI Стручњаци ове фирме учествовали су у припреми ОВК. Њени трагови могу се наћи свуда где тињају конфликти – од Македоније и Косова до Грузије… Групације повезане са Ал-Каидом са Косова и из Босне и Херцеговине у наше дане снабдевају оружјем сиријске терористе, међу којима има Албанаца и босанаца. По неким подацима, у Сирију са Балкана од средине 2012. године већ је прешло око 300 моџахедина из БиХ, Албаније, Македоније и Србије (Санџака). Међу њима има и првих погинулих. На Косову у специјланим камповима бивше ОВК обучавају се сиријски терористи, као и представници Ал Каиде из других земаља. Сиријска опозција не крије да жели да научи од ОВК методе организације оружаног отпора против режима Башара Асадар.

После догађаја 11. септембра 2001. и почетка антитерористичке кампање многи моџахедини у БиХ су били лишени босанског држављанстсва и били су приморани да напусте земљу. Против неких су били покренути кривични поступци, ако је разоткривана њихова делатност у припреми терористичких аката. 2002. године кантонални суд у Сарајеву је изручио Вашингтону 6 учесника такозване Алжирске групе, оптужене за припрему напада на амбасаду САД. У селу Горња Маоча 2010. била је изведена полицијска операција Светло за ликвидацију вахабитске заједнице. Али сама појава вахабизма у земљи није нестала. Сарајево не жури да позове вахабите на ред. После неколико полицијских акција на слободи је остао врх покрета, чији укупан број ће ускоро прећи границу од 10%. Вахабизам се већ утврдио у БиХ као препознатљива религиозна, културна и социјална појава, прихватљива за део муслиманског становништва Босне. Босна постаје једина европска земља где се радикални ислам укорењује, шири и слива са влашћу на значајној територији Федерације.