Његово Блаженство Архиепископ Јован осуђен је на три године затвора. Његово Преосвештенство Епископ брегалнички Господин Марко и Његово Преосвештенство Епископ стобијски Господин Давид, као и оптужени свештеници, монахиње и верници осуђени су на по 2 године затвора – условно на 5 година. Међу осуђенима се налазе и мајка и сестра утамниченог Археипископа Јована.
Сви осуђени су били оптужени од стране тзв. Македонске православне цркве која није канонски призната ни од једне канонски признате православне цркве за прање новца, иако нико од оптужених и осуђених није припадник те верске заједнице. Иако то законом није МПЦ de faccto има статус државне цркве.
Архиепископ Јован ухапшен је 12. децембра 2011. године и од тада је у притвору.Године 2010, међународна заједница пресуду којом је Архиепископ био тада осуђен на две и по годинe затвора прогласила је за политички прогон. Овом пресудом данас претходна пресуда је практично пооштрена за још 6 месеци.
Током ваксршњих празника 2013 архиепископу Јовану је у затвору Шуто Оризари, у Скопљу, било је ускраћено и право да добије основни пакет намирница, а суђење је одуговлачено па се и поред погоршаног здравственог стања није одржавало и по пет месеци. Треба имати на уму да је све то време Архиепископ био у ћелији с криминалцима, са стално упаљеним светлом и могућношћу да 1 сат дневно буде у шетњи изван ћелије.
Ово је шесто утамничење Архиепископа Јована током последњих 10 година, а Amnesti international га је 2005. прогласио затвореником због слободе изражавања.
21. маја 2012. бројне полицијске снаге су ушле са судским налозима у више манастира и домова припадника Православне Охридске Архиепископије СПЦ. Том приликом је полиција чак прекинула и јутарњу службу у Манастиру Св. Јована Златоустог у Битољу. Иако су у тренутку упада Епископи Марко и Давид били ван Македоније, на редовном пролећном заседању Светог архијерејкског сабора СПЦ, они су се одмах вратили у Македонију како би доказали своју невиност.
Судија Ивица Стефановски је такође наложио и да се конфискује сва имовина Православне охридске архиепископије!
На последњем заседању Светог архијерејског сабора СПЦ који је одржан током маја 2013. године у Београду, Сабор је упутио апел свим демократским институцијама у земљи и свету да помогну ослобађању архиепископа охридског Јована, који под тортуром тамнује у истражном затвору у Скопљу – рекао је епископ
бачки Иринеј, који је и портпарол СПЦ
